1348年，黑死病席卷欧洲。年轻神父卢卡坚信上帝降罚人间，用极端苦修与布道聚拢信徒，人称“太阳神父”。与此同时，博学的修女艾格尼丝因质疑教会对瘟疫的解释——认为应科学隔离而非祷告，被修道院驱逐，被信徒嘲笑为“月亮修女”。两人在瘟疫重灾区佛罗伦萨郊外相遇。起初卢卡视她为异端，艾格尼丝则认为卢卡是盲信者。但随着死亡人数飙升，卢卡亲眼目睹“虔诚者”纷纷病死，而艾格尼丝的隔离所却救活了更多人。在一次被暴民围攻后，卢卡开始动摇。最终他脱下苦修服，与艾格尼丝一起建立了一所尊重医学、包容怀疑者的“俗人修道院”，两人虽从未有过肉体之爱，却成了彼此最深的灵魂伴侣。
影片对信仰危机的刻画极其锋利，不是否定信仰，而是探讨信仰如何与理性共存。男女主角从对立到默契的张力十足，中世纪末日的破败美学令人窒息。结尾尤其震撼，太阳与月亮不必拥抱，只需照亮同一片大地。
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